2019年9月，舟山审计局实施舟山大陆引水三期工程预算执行审计，同期审计署上海特派办实施浙江省2019年重大政策措施落实情况跟踪审计也对该项目进行延伸审计。审计过程中，审计署上海特派办、浙江省审计厅、舟山市审计局三方统筹配合，加强审计成果和信息共享，共同推进审计整改，取得实质进展。

审计指出大陆引水三期（大沙调蓄水库）未按规定调整概算的问题后，该问题整改分别列入中央巡视反馈重大项目建设推进问题整改工作清单、中央预算执行和其他财政支出情况审计问题清单、省主要领导经济责任审计整改问题清单，要求落实整改。

针对该问题，舟山市人民政府高度重视，多方协调，牵头整改，项目法人舟山开源供水有限责任公司于2020年初开始启动超概问题整改工作，市政府同步启动对相关责任人的问责追溯，2021年3月16日，市政府完成对项目相关责任人的追责处理。2021年7月该项目整改取得实质进展，舟山市大陆引水三期工程（大沙调蓄水库）调整概算获浙江省发改委正式批复，调整后的概算总投资为8.7亿元，相较初设批准概算5.2亿元增加投资3.5亿元。